離岸風機以及施工團隊破壞鯨豚的生存環境，甚至使鯨豚擱淺的數量增加，成為鯨豚殺手？
部分民眾與團體擔心，離岸風機將破壞鯨豚生存環境，更造成鯨豚擱淺數量增加。
風場施工時期鯨豚擱淺數下降
施工完畢鯨豚再次現身
根據海委會海洋保育署針對國內鯨豚擱淺事件統計資料顯示，全國於 2019 年的鯨豚擱淺總數為 150 ，死亡總數為 132 ，此二數字於 2022 年分別為 144 及 119 ，並未於離岸風電 2020 - 2022 年建設期間有顯著變化，甚至有些許降低。根據海保署公開之報告，以鯨豚擱淺月份分析發現，鯨豚擱淺發生高峰分布於 1-4 月，而 9-10 月後又逐漸增加，對應於離岸風電施工密集期間 6-9 月則為鯨豚擱淺數量相對較少的期間。
而擱淺發生較多為秋冬之際，反為離岸風電因風浪過大，暫停施工之期間。
經濟部能源署也針對示範風場進行開發前、中、後的生態監測調查，完成台灣第一份離岸風場營運期間的生態報告。報告比對水下聲學資料發現，在海洋風場區施工期間（2019年6月至2019年10月）的鯨豚活動量雖有降低，但施工後（2020年）活動量回到與施工前（2018年）的數據，代表鯨豚時工完畢後，再次回到原活動區域。
風場開發期間 嚴格執行鯨豚保護措施
台灣離岸風場所有海事工程施工期間，皆嚴格遵守環評承諾。按環評承諾要求，所有打樁期間，一定配置合格鯨豚觀察員，監測作業區間無鯨豚靠近。再者「緩啟動」的打樁，初期以低能量進行打樁作業，也可有效提醒相關鯨豚遠離作業地區。對於噪音的減低，離岸風場施工也使用高標準的雙層氣泡帷幕來阻隔噪音，並隨時監測噪音數值。